AT4G39460.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : S-adenosylmethionine carrier 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a plastid metabolite transporter required for the import of S-Adenosylmethionine from the cytosol. Impaired function of SAMT1 led to decreased accumulation of prenyllipids and mainly affected the chlorophyll pathway. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
S-adenosylmethionine carrier 1 (SAMC1); FUNCTIONS IN: S-adenosylmethionine transmembrane transporter activity, binding; INVOLVED IN: transport, chloroplast organization, mitochondrial transport, S-adenosylmethionine transport; LOCATED IN: mitochondrion, mitochondrial inner membrane, chloroplast, plastid, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mitochondrial carrier protein (InterPro:IPR002067), Mitochondrial substrate carrier (InterPro:IPR001993), Mitochondrial substrate/solute carrier (InterPro:IPR018108); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: S-adenosylmethionine carrier 2 (TAIR:AT1G34065.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:18356093..18358596 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34863.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 325 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAPLTLSVDV KSSSATSHDV SKRVMQSSQL KINKGFFASV NTQEDKPFDF FRTLFEGFIA GGTAGVVVET ALYPIDTIKT RLQAARGGGK IVLKGLYSGL 101: AGNIAGVLPA SALFVGVYEP TKQKLLKTFP DHLSAVAHLT AGAIGGLAAS LIRVPTEVVK QRMQTGQFTS APSAVRMIAS KEGFRGLYAG YRSFLLRDLP 201: FDAIQFCIYE QLCLGYKKAA RRELSDPENA LIGAFAGALT GAVTTPLDVI KTRLMVQGSA KQYQGIVDCV QTIVREEGAP ALLKGIGPRV LWIGIGGSIF 301: FGVLESTKRT LAQRRPNTVK ETKEE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)