AT4G38460.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : geranylgeranyl reductase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
geranylgeranyl reductase (GGR); INVOLVED IN: isoprenoid biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Polyprenyl synthetase-related (InterPro:IPR017446), Terpenoid synthase (InterPro:IPR008949), Polyprenyl synthetase (InterPro:IPR000092); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: geranylgeranyl pyrophosphate synthase 1 (TAIR:AT4G36810.1); Has 14555 Blast hits to 14554 proteins in 2890 species: Archae - 343; Bacteria - 9127; Metazoa - 134; Fungi - 165; Plants - 435; Viruses - 12; Other Eukaryotes - 4339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:17994849..17995974 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35190.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 326 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLFSGSAIPL SSFCSLPEKP HTLPMKLSPA AIRSSSSSAP GSLNFDLRTY WTTLITEINQ KLDEAIPVKH PAGIYEAMRY SVLAQGAKRA PPVMCVAACE 101: LFGGDRLAAF PTACALEMVH AASLIHDDLP CMDDDPVRRG KPSNHTVYGS GMAILAGDAL FPLAFQHIVS HTPPDLVPRA TILRLITEIA RTVGSTGMAA 201: GQYVDLEGGP FPLSFVQEKK FGAMGECSAV CGGLLGGATE DELQSLRRYG RAVGMLYQVV DDITEDKKKS YDGGAEKGMM EMAEELKEKA KKELQVFDNK 301: YGGGDTLVPL YTFVDYAAHR HFLLPL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)