AT4G37380.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein (TAIR:AT5G66520.1); Has 33786 Blast hits to 13504 proteins in 252 species: Archae - 0; Bacteria - 14; Metazoa - 55; Fungi - 76; Plants - 33202; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 439 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:17572040..17573938 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 70100.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 632 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSPLLATS LPQNQLSTTA TARFRLPPPE KLAVLIDKSQ SVDEVLQIHA AILRHNLLLH PRYPVLNLKL HRAYASHGKI RHSLALFHQT IDPDLFLFTA 101: AINTASINGL KDQAFLLYVQ LLSSEINPNE FTFSSLLKSC STKSGKLIHT HVLKFGLGID PYVATGLVDV YAKGGDVVSA QKVFDRMPER SLVSSTAMIT 201: CYAKQGNVEA ARALFDSMCE RDIVSWNVMI DGYAQHGFPN DALMLFQKLL AEGKPKPDEI TVVAALSACS QIGALETGRW IHVFVKSSRI RLNVKVCTGL 301: IDMYSKCGSL EEAVLVFNDT PRKDIVAWNA MIAGYAMHGY SQDALRLFNE MQGITGLQPT DITFIGTLQA CAHAGLVNEG IRIFESMGQE YGIKPKIEHY 401: GCLVSLLGRA GQLKRAYETI KNMNMDADSV LWSSVLGSCK LHGDFVLGKE IAEYLIGLNI KNSGIYVLLS NIYASVGDYE GVAKVRNLMK EKGIVKEPGI 501: STIEIENKVH EFRAGDREHS KSKEIYTMLR KISERIKSHG YVPNTNTVLQ DLEETEKEQS LQVHSERLAI AYGLISTKPG SPLKIFKNLR VCSDCHTVTK 601: LISKITGRKI VMRDRNRFHH FTDGSCSCGD FW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)