AT4G36490.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.899 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SEC14-like 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SEC14-like 12 (SFH12); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal (InterPro:IPR001251), Cellular retinaldehyde-binding/triple function, N-terminal (InterPro:IPR008273), Phosphatidylinositol transfer protein-like, N-terminal (InterPro:IPR011074); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Sec14p-like phosphatidylinositol transfer family protein (TAIR:AT2G18180.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:17222099..17224808 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61829.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 543 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTLIQDAELK PRMGSFKKRS SSKNLRYSMT KRRRSSKVMS VEIIEDVHDA EELKAVDAFR QSLILDELLP EKHDDYHMML RFLKARKFDL EKTKQMWTEM 101: LRWRKEFGAD TVMEEFDFKE IDEVLKYYPQ GHHGVDKEGR PVYIERLGLV DSTKLMQVTT MDRYVNYHVM EFERTFNVKF PACSIAAKKH IDQSTTILDV 201: QGVGLKNFNK AARDLITRLQ KVDGDNYPET LNRMFIINAG SGFRMLWNTV KSFLDPKTTA KIHVLGNKYQ SKLLEIIDES ELPEFLGGSC TCADNGGCMR 301: SDKGPWKNPE IMKRVHNGDH KCSKGSQAEN SGEKTIPEED DSTTEPASEE EKASKEVEIV PAAHPAWNMP EAHKFSLSKK EVYAIQEACN NATTEGGRSP 401: IFTGVMALVM GVVTMIKVTK NVPRKLTEST LYSSPVYCDD ASMNKSAMQS EKMTVPAISG EDFMAIMKRM AELEQKVTVL SAQPTVMPPD KEEMLNAAIS 501: RSNVLEQELA ATKKALDDSL GRQEELVAYI EKKKKKKKLF NYW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)