AT4G21480.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : sugar transporter protein 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Putative sugar transporter. Expressed in nematode-induced root syncytia. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
sugar transporter protein 12 (STP12); FUNCTIONS IN: carbohydrate transmembrane transporter activity, sugar:hydrogen symporter activity; INVOLVED IN: response to nematode; LOCATED IN: integral to membrane, membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Sugar transporter, conserved site (InterPro:IPR005829), Major facilitator superfamily (InterPro:IPR020846), Sugar/inositol transporter (InterPro:IPR003663), General substrate transporter (InterPro:IPR005828), Major facilitator superfamily, general substrate transporter (InterPro:IPR016196); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: sugar transporter 1 (TAIR:AT1G11260.1); Has 29334 Blast hits to 28788 proteins in 2015 species: Archae - 490; Bacteria - 14513; Metazoa - 3914; Fungi - 6644; Plants - 2469; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 1302 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:11433320..11435284 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55569.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 502 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPSVGIVIGD GKKEYPGKLT LYVTVTCIVA AMGGLIFGYD IGISGGVTTM DSFQQKFFPS VYEKQKKDHD SNQYCRFDSV SLTLFTSSLY LAALCSSLVA 101: SYVTRQFGRK ISMLLGGVLF CAGALLNGFA TAVWMLIVGR LLLGFGIGFT NQSVPLYLSE MAPYKYRGAL NIGFQLSITI GILVANVLNF FFSKISWGWR 201: LSLGGAVVPA LIITVGSLIL PDTPNSMIER GQFRLAEAKL RKIRGVDDID DEINDLIIAS EASKLVEHPW RNLLQRKYRP HLTMAILIPA FQQLTGINVI 301: MFYAPVLFQT IGFGSDAALI SAVVTGLVNV GATVVSIYGV DKWGRRFLFL EGGFQMLISQ VAVAAAIGAK FGVDGTPGVL PKWYAIVVVL FICIYVAAFA 401: WSWGPLGWLV PSEIFPLEIR SAAQSITVSV NMIFTFLIAQ VFLMMLCHLK FGLFIFFAFF VVVMSIFVYL FLPETRGVPI EEMNRVWRSH WYWSKFVDAR 501: RI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)