AT4G19020.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : chromomethylase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
chromomethylase 2 (CMT2); FUNCTIONS IN: chromatin binding, DNA binding; INVOLVED IN: chromatin assembly or disassembly, DNA methylation; LOCATED IN: chromatin, nucleus; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA methylase, C-5 cytosine-specific (InterPro:IPR001525), Chromo domain-like (InterPro:IPR016197), Bromo adjacent homology (BAH) domain (InterPro:IPR001025), Chromo domain (InterPro:IPR000953); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: chromomethylase 3 (TAIR:AT1G69770.1); Has 5135 Blast hits to 4403 proteins in 1000 species: Archae - 207; Bacteria - 2602; Metazoa - 790; Fungi - 215; Plants - 463; Viruses - 25; Other Eukaryotes - 833 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:10414526..10420936 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 145023.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1295 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MLSPAKCESE EAQAPLDLHS SSRSEPECLS LVLWCPNPEE AAPSSTRELI KLPDNGEMSL RRSTTLNCNS PEENGGEGRV SQRKSSRGKS QPLLMLTNGC 0101: QLRRSPRFRA LHANFDNVCS VPVTKGGVSQ RKFSRGKSQP LLTLTNGCQL RRSPRFRAVD GNFDSVCSVP VTGKFGSRKR KSNSALDKKE SSDSEGLTFK 0201: DIAVIAKSLE MEIISECQYK NNVAEGRSRL QDPAKRKVDS DTLLYSSINS SKQSLGSNKR MRRSQRFMKG TENEGEENLG KSKGKGMSLA SCSFRRSTRL 0301: SGTVETGNTE TLNRRKDCGP ALCGAEQVRG TERLVQISKK DHCCEAMKKC EGDGLVSSKQ ELLVFPSGCI KKTVNGCRDR TLGKPRSSGL NTDDIHTSSL 0401: KISKNDTSNG LTMTTALVEQ DAMESLLQGK TSACGAADKG KTREMHVNST VIYLSDSDEP SSIEYLNGDN LTQVESGSAL SSGGNEGIVS LDLNNPTKST 0501: KRKGKRVTRT AVQEQNKRSI CFFIGEPLSC EEAQERWRWR YELKERKSKS RGQQSEDDED KIVANVECHY SQAKVDGHTF SLGDFAYIKG EEEETHVGQI 0601: VEFFKTTDGE SYFRVQWFYR ATDTIMERQA TNHDKRRLFY STVMNDNPVD CLISKVTVLQ VSPRVGLKPN SIKSDYYFDM EYCVEYSTFQ TLRNPKTSEN 0701: KLECCADVVP TESTESILKK KSFSGELPVL DLYSGCGGMS TGLSLGAKIS GVDVVTKWAV DQNTAACKSL KLNHPNTQVR NDAAGDFLQL LKEWDKLCKR 0801: YVFNNDQRTD TLRSVNSTKE TSGSSSSSDD DSDSEEYEVE KLVDICFGDH DKTGKNGLKF KVHWKGYRSD EDTWELAEEL SNCQDAIREF VTSGFKSKIL 0901: PLPGRVGVIC GGPPCQGISG YNRHRNVDSP LNDERNQQII VFMDIVEYLK PSYVLMENVV DILRMDKGSL GRYALSRLVN MRYQARLGIM TAGCYGLSQF 1001: RSRVFMWGAV PNKNLPPFPL PTHDVIVRYG LPLEFERNVV AYAEGQPRKL EKALVLKDAI SDLPHVSNDE DREKLPYESL PKTDFQRYIR STKRDLTGSA 1101: IDNCNKRTML LHDHRPFHIN EDDYARVCQI PKRKGANFRD LPGLIVRNNT VCRDPSMEPV ILPSGKPLVP GYVFTFQQGK SKRPFARLWW DETVPTVLTV 1201: PTCHSQALLH PEQDRVLTIR ESARLQGFPD YFQFCGTIKE RYCQIGNAVA VSVSRALGYS LGMAFRGLAR DEHLIKLPQN FSHSTYPQLQ ETIPH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)