AT4G19003.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
VPS25; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ESCRT-II complex, vps25 subunit, N-terminal winged helix (InterPro:IPR014041), ESCRT-II complex, vps25 subunit, C-terminal winged helix (InterPro:IPR014040), ESCRT-II complex, vps25 subunit (InterPro:IPR008570); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:10407571..10408582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 20682.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 179 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQKLADFKLP QFFNYPPYFT LQPVRDTREK QIQLWKELIL DYCKSQKIFL IGVEEDFPLF SNSAIDRSLS HEARETFLSA IVGEGRAEWL DKGHRKCLIL 101: WHRIQDWADI VLQFVRDNGL EDSVMTVEEI RSGTESLGTE LQGIDRTILM RALKLLENKG KLALFKGTSA DDEGVKFSV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)