AT4G14520.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DNA-directed RNA polymerase II-related | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Protein of unknown function homologous to the DNA-directed RNA polymerase II subunit, NRPB7 (At5g59180) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
DNA-directed RNA polymerase II-related; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain (TAIR:AT4G14660.1); Has 104 Blast hits to 104 proteins in 18 species: Archae - 6; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 98; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:8342471..8343073 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22750.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 200 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFSEVEMARD VAICAKHLNG QSPHQPILCR LLQDLIHEKA CREHGFYLGI TALKSIGNNK NNNIDNENNH QAKILTFPVS FTCRTFLPAR GDILQGTVKK 101: VLWNGAFIRS GPLRYAYLSL LKMPHYHYVH SPLSEDEKPH FQKDDLSKIA VGVVVRFQVL AVRFKERPHK RRNDYYVLAT LEGNGSFGPI SLTGSDEPYM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)