AT4G11680.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.910 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) family protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: cultured cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) family protein (TAIR:AT1G12760.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:7053737..7055516 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43743.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 390 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSSSSTTTN TTTESDSSSL PTHIGRSNSD GIIDTTPFLP PTVTRTISVD EESNPIHRSA RRQGLREAAR FLRHAGSRRM MREPSMLVRE TAAEQLEERQ 101: SDWAYSKPVV FLDILWNLAF VAIGVAVLIL SRDEKPNMPL RVWVVGYGIQ CWLHMACVCV EYRRRRRRRH PEDGGGSGLT NSSSQQYVSL AQLEDRGETS 201: NPAKHLESAN TMFSFIWWII GFYWVSAGGQ TLSSDSPQLY WLCIIFLGFD VFFVVFCVAL ACVIGLAVCC CLPCIIAILY AVADQEGASK NDIDQMPKFR 301: FTKTGNVEKL SGKARGIMTE CGTDSPIERS LSPEDAECCI CLCEYEDGVE LRELPCNHHF HCTCIDKWLH INSRCPLCKF NILKNANNEV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)