AT4G11400.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ARID/BRIGHT DNA-binding domain;ELM2 domain protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ARID/BRIGHT DNA-binding domain;ELM2 domain protein; FUNCTIONS IN: DNA binding; LOCATED IN: vacuole; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), ELM2 (InterPro:IPR000949), ARID/BRIGHT DNA-binding domain (InterPro:IPR001606); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ARID/BRIGHT DNA-binding domain;ELM2 domain protein (TAIR:AT2G46040.1); Has 254 Blast hits to 233 proteins in 47 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 84; Fungi - 4; Plants - 166; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:6938717..6940539 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 65669.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 573 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGSFNDTSCS YVDVEIKYVD ECEERLRRLF DQALLVFLEE EGSIKPLPAV IGDGKNVDLF KLFVLVRERE GFDTVSRKRL WEVVAEKLGF DCSLVPSLIL 101: IYLKYLNRME KWAVEESRIV NWDNKDSEKK GCYSGMLHEL GNGFKSLLDN GKCQKRNRAV AFGCNHMEES CSEFDRSRKR FRESDDDDKG VGLSSVVIRE 201: ETVVCAVEEG LSDFSLEKRD DLPGMLKWLA LVATSPHDPA IGVIPHSSKW KQYNGNKCWL QVARAKNSLL VQRDNAELRY RYHPFRGHQN IHHPSMYEDD 301: RKSIGRLRYS IRPPNLSKHC SSSCCNGSSL VSLSKSRSTK CRKLTIIASE RAGLTAGTSR ARKRNKAEIP RRCIKVGHQH QAQVDEWTES GVDSDSKWLG 401: TRIWPPENSE ALDQTLGNDL VGKGRPDSCS CELSGFVECT RLHIAEKRME LKRELGDDFF HWRFNQMGEE VCLRWTEEEE KRFKDMIIAD PQSFWTNAAK 501: NFPKKKREEL VSYYFNVFLI NRRRYQNRVT PKSIDSDDEG AFGSVGGSFG RDAVTSSGSD VMICAQNRQC EDY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)