AT4G11080.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : HMG (high mobility group) box protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
HMG (high mobility group) box protein; FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; LOCATED IN: nucleus, chloroplast; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: High mobility group, superfamily (InterPro:IPR009071), High mobility group, HMG1/HMG2 (InterPro:IPR000910); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: HMG (high mobility group) box protein (TAIR:AT4G23800.2); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:6760898..6763272 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52305.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.84 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 446 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSTVSSDPAH AKKSRNSRKA LKQKNEIVES SPVSDKGKET KSFEKDLMEM QAMLEKMKIE KEKTEDLLKE KDEILRKKEV EQEKLKTELK KLQKMKEFKP 101: NMTFAFSQSL AQTEEEKKGK KKKKDCAETK RPSTPYILWC KDNWNEVKKQ NPEADFKETS NILGAKWKGI SAEEKKPYEE KYQADKEAYL QVITKEKRER 201: EAMKLLDDEQ KQKTAMELLD QYLHFVQEAE HDNKKKAKKI KDPLKPKQPI SAYLIYANER RAALKGENKS VIEVAKMAGE EWKNLSEEKK APYDQMAKKN 301: KEIYLQEMEG YKRTKEEEAM SQKKEEEEFM KLHKQEALQL LKKKEKTDNI IKKTKETAKN KKKNENVDPN KPKKPTSSYF LFCKDARKSV LEEHPGINNS 401: TVTAHISLKW MELGEEEKQV YNSKAAELME AYKKEVEEYN KTKTSS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)