AT4G02420.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein; FUNCTIONS IN: kinase activity; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Legume lectin, beta chain (InterPro:IPR001220), Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup (InterPro:IPR013320), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Concanavalin A-like lectin/glucanase (InterPro:IPR008985); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein (TAIR:AT4G02410.1); Has 115117 Blast hits to 113792 proteins in 4484 species: Archae - 103; Bacteria - 12860; Metazoa - 42338; Fungi - 9449; Plants - 33733; Viruses - 419; Other Eukaryotes - 16215 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:1064363..1066372 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 75403.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 669 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFFIKLFTIF FLSFFWQSLK SSSQIIDFTY NGFRPPPTDI SILGIATITP NGLLKLTNTT MQSTGHAFYT KPIRFKDSPN GTVSSFSTTF VFAIHSQIPI 101: AHGMAFVIAP NPRLPFGSPL QYLGLFNVTN NGNVRNHVFA VELDTIMNIE FNDTNNNHVG IDINSLNSVK SSPAGYWDEN DQFHNLTLIS SKRMQVWVDF 201: DGPTHLIDVT MAPFGEVKPR KPLVSIVRDL SSVLLQDMFV GFSSATGNIV SEIFVLGWSF GVNGEAQPLA LSKLPRLPVW DLKPTRVYRF YKNWVPLISL 301: LLIPFLLIIF LVRFIMKRRR KFAEEVEDWE TEFGKNRLRF KDLYYATKGF KDKNILGSGG FGSVYKGIMP KTKKEIAVKR VSNESRQGLK EFVAEIVSIG 401: QMSHRNLVPL VGYCRRRDEL LLVYDYMPNG SLDKYLYNSP EVTLDWKQRF KVINGVASAL FYLHEEWEQV VIHRDVKASN VLLDAELNGR LGDFGLAQLC 501: DHGSDPQTTR VVGTWGYLAP DHIRTGRATT TTDVFAFGVL LLEVACGRRP IEINNQSGER VVLVDWVFRF WMEANILDAK DPNLGSEYDQ KEVEMVLKLG 601: LLCSHSDPLA RPTMRQVLQY LRGDAMLPDL SPLDLRGSGI MLGTHNGSNE SGMFTSGSSV AYSLLSSGR |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)