AT3G61415.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SKP1-like 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SKP1-like 21 (SK21); FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity; INVOLVED IN: ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: SCF ubiquitin ligase complex; EXPRESSED IN: stem, fruit, root, inflorescence, leaf; EXPRESSED DURING: seedling growth; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SKP1 component, dimerisation (InterPro:IPR016072), SKP1 component (InterPro:IPR001232), BTB/POZ fold (InterPro:IPR011333), SKP1 component, POZ (InterPro:IPR016073); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SKP1-like 20 (TAIR:AT2G45950.1); Has 1341 Blast hits to 1337 proteins in 268 species: Archae - 0; Bacteria - 12; Metazoa - 524; Fungi - 168; Plants - 472; Viruses - 11; Other Eukaryotes - 154 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:22722962..22725577 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40024.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 351 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSEGEMAIIK PEMMKSYIWL ETADGSIQQV EQEVAMFCPM ICQEVIQKGV GSSKNYAISL PQRVNPAMLS LIFDYCRFHQ VPGRSNKERK VYDEKFIRMD 101: TKRLCELTSA ADSLQLKPLV DLTSRALARI IEGKTPEEIR EIFHLPDDLT EEEKLEPLKN TMDDPRIRLL NRLYAKKRKE LKEREKLKSV EVEEHVDERS 201: VDDLLSFING RDPKVVKTSK SKKKNKKRKE QKNGSSNGTC EALEKDLHNL DSKSQSAEIV DNTASCLGDV SNLPSMEDDI FTPKTEFEDG YIDDEIDPAL 301: KELLDREVED FARRLNSSWV LSIGQERQPV NFSINGNGTS RRLTGPAAGH K |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)