AT3G58270.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.836 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Arabidopsis phospholipase-like protein (PEARLI 4) with TRAF-like domain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Arabidopsis phospholipase-like protein (PEARLI 4) with TRAF-like domain; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: TRAF-like (InterPro:IPR008974), MATH (InterPro:IPR002083), Phospholipase-like, arabidopsis (InterPro:IPR007942); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RESTRICTED TEV MOVEMENT 3 (TAIR:AT3G58350.1); Has 1579 Blast hits to 1429 proteins in 196 species: Archae - 9; Bacteria - 32; Metazoa - 401; Fungi - 136; Plants - 831; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 170 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:21576033..21577655 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38584.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 343 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGKEVDNKFT WVIKNFSSQQ SRKNYSDEFF VDGCKWRLLA FPKGNGVEKL SLYLAVAGSE FLPDGWRRHA YFHFSVVNQL SDELSQARET KNWFDASTSD 101: WGFTSMLSLK KLHDKDGGFL VNGELKIVVD VSVLEVIGKL DVPVESEETT TKALSELEEN DVPEESEETT KALSKVDEND GAESNDSLKE ASSVKESMDV 201: NGFRVLPSQV ETVSCIFERH PDIASEFGPK NQHLRSAYMN VLLSLIKTMC QSTQELSKDD LSDADAALAY LTDAGLNLNW LEEKLEEVSE KKENEEAGET 301: RVHEIEEELK ELKLKCSNLE AQLEKEKADV SVARAPFSFD DIV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)