AT3G57090.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.333 peroxisome 0.333 plastid 0.333 ASURE: mitochondrion,peroxisome,plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with similarity to yeast FIS proteins. These membrane anchored proteins bind DRP proteins and function during organelle division. FIS1B is expressed ubiquitously and appears to be involved in peroxisome division. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
BIGYIN; FUNCTIONS IN: binding; INVOLVED IN: peroxisome fission, mitochondrion organization; LOCATED IN: mitochondrion, peroxisome, chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tetratricopeptide repeat 11 Fission 1 protein (InterPro:IPR016543), Tetratricopeptide-like helical (InterPro:IPR011990); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein (TAIR:AT5G12390.1); Has 347 Blast hits to 347 proteins in 156 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 100; Fungi - 148; Plants - 92; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 7 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:21128627..21129981 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 18699.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 170 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDAKIGQFFD SVGTFFSGSD KIPWCDGDVI AGCEREVREA TDSGTEDLKK ECLMRLSWAL VHSRQTEDVQ RGIAMLEASL ESSAPPLEDR EKLYLLAVGY 101: YRSGNYSRSR QLVDRCIEMQ ADWRQALVLK KTIEDKITKD GVIGIGITAT AFGAVGLIAG GIVAAMSRKK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)