AT3G52210.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.910 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: mRNA capping; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: synergid; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: mRNA capping enzyme, large subunit (InterPro:IPR004971); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: mRNA capping enzyme family protein (TAIR:AT3G20650.1); Has 463 Blast hits to 462 proteins in 207 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 143; Fungi - 156; Plants - 100; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 64 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:19367035..19369293 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39890.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 354 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSGFVVSKPE QSHHRLFDFA KTAIINIFAH PYATVCELYC GGAPETDKWE AAPIGHYIGI DTSSGISSVR EAWESQRKNY DVEFFEADPS KDDFEIQLQK 101: KLEQADLVSC WRHLQLCFET EESARRLLTN VACLLKPGGY FFGITPDSST IWAKYQKNVE AYHNRSGAKP NVFPNYIRSE SYMITFELEE EKFPLFGKRY 201: QLKFSGDNAS EDHCLVHFPS LIRLAREAGL EFVEIQSLTD FYDDNRAQFA SLLMNAGPNF VDPRGKLLPR AFDLLGLYAT FIFQKPDPDI EPPLTTPIPF 301: ESSNNHDERE LPVITVITDA SAPAEDPSQG LGKIVEQKGI LGPGPADLRF SEAI |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)