AT3G50960.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : phosducin-like protein 3 homolog | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein that functions in microtubule assembly. PLP3a can bind to several different tubulin family members in Y2H assays. Plants with reduced levels of both PLP3a and PLP3b (At5g66410) show defects in cytokinesis, cortical microtubule array formation, oriented cell growth, and maintenance of proper ploidy. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
phosducin-like protein 3 homolog (PLP3a); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Thioredoxin fold (InterPro:IPR012335), Thioredoxin domain (InterPro:IPR013766), Thioredoxin-like fold (InterPro:IPR012336); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phosducin-like protein 3 homolog (TAIR:AT5G66410.1); Has 968 Blast hits to 967 proteins in 239 species: Archae - 4; Bacteria - 68; Metazoa - 389; Fungi - 149; Plants - 170; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 188 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:18938891..18940226 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26264.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 230 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDPDAVKSTL SNLAFGNVMA AAARNYQKEV LANEKAQGSN PVNEEVDLDE LMDDPELERL HADRIAALKR EVEKRESFKR QGHGEYREVS EGDFLGEVTR 101: SEKVICHFYH KEFYRCKIMD KHLKTLAPRH VDTKFIKVDA ENAPFFVTKL AIKTLPCVVL FSKGVAMDRL VGFQDLGTKD DFTTNKLENV LLKKGMLSKK 201: KKEEDDEDAE YQESIRRSVR SSENLDSDSD |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)