AT3G50660.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 ASURE: endoplasmic reticulum What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Cytochrome P450 superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a 22α hydroxylase whose reaction is a rate-limiting step in brassinosteroid biosynthetic pathway. The protein is a member of CYP90B gene family. CLM is an epi-allele with small, compressed rosette, reduced internode length, and reduced fertility, appears in selfed ddm mutant plants possibly due to loss of cytosine methylation. Transcripts accumulate in actively growing tissues, and GUS expression is negatively regulated by brassinosteroids. Localized in the endoplasmic reticulum. The in vitro expressed protein can perform the C-22 hydroxylation of a variety of C27-, C28- and C29-sterols. Cholesterol was the best substrate, followed by campesterol. Sitosterol was a poor substrate. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
DWARF 4 (DWF4); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cytochrome P450 (InterPro:IPR001128), Cytochrome P450, conserved site (InterPro:IPR017972), Cytochrome P450, E-class, group I (InterPro:IPR002401); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Cytochrome P450 superfamily protein (TAIR:AT5G05690.1); Has 31120 Blast hits to 31036 proteins in 1650 species: Archae - 61; Bacteria - 5303; Metazoa - 10591; Fungi - 5722; Plants - 7996; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 1444 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:18814262..18817168 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58871.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 513 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFETEHHTLL PLLLLPSLLS LLLFLILLKR RNRKTRFNLP PGKSGWPFLG ETIGYLKPYT ATTLGDFMQQ HVSKYGKIYR SNLFGEPTIV SADAGLNRFI 101: LQNEGRLFEC SYPRSIGGIL GKWSMLVLVG DMHRDMRSIS LNFLSHARLR TILLKDVERH TLFVLDSWQQ NSIFSAQDEA KKFTFNLMAK HIMSMDPGEE 201: ETEQLKKEYV TFMKGVVSAP LNLPGTAYHK ALQSRATILK FIERKMEERK LDIKEEDQEE EEVKTEDEAE MSKSDHVRKQ RTDDDLLGWV LKHSNLSTEQ 301: ILDLILSLLF AGHETSSVAI ALAIFFLQAC PKAVEELREE HLEIARAKKE LGESELNWDD YKKMDFTQCV INETLRLGNV VRFLHRKALK DVRYKGYDIP 401: SGWKVLPVIS AVHLDNSRYD QPNLFNPWRW QQQNNGASSS GSGSFSTWGN NYMPFGGGPR LCAGSELAKL EMAVFIHHLV LKFNWELAED DKPFAFPFVD 501: FPNGLPIRVS RIL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)