AT3G48330.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : protein-l-isoaspartate methyltransferase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes protein-L-isoaspartate methyltransferase. Important for maintaining viability as the seed ages. Involved in germination. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
protein-l-isoaspartate methyltransferase 1 (PIMT1); FUNCTIONS IN: protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase activity; INVOLVED IN: protein modification process, response to salt stress, aging, response to abscisic acid stimulus, seed germination; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: seedling, seed; EXPRESSED DURING: dry seed stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase (InterPro:IPR000682); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: protein-l-isoaspartate methyltransferase 2 (TAIR:AT5G50240.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:17892969..17893975 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24615.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 230 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKQFWSPSSI NKNKAMVENL QNHGIVTSDE VAKAMEAVDR GVFVTDRSSA YVDSPMSIGY NVTISAPHMH AMCLQLLEKH LKPGMRVLDV GSGTGYLTAC 101: FAVMVGTEGR AIGVEHIPEL VASSVKNIEA SAASPFLKEG SLAVHVGDGR QGWAEFAPYD AIHVGAAAPE IPEALIDQLK PGGRLVIPVG NIFQDLQVVD 201: KNSDGSVSIK DETSVRYVPL TSREAQLRGD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)