AT3G47820.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.997 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : PLANT U-BOX 39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
PLANT U-BOX 39 (PUB39); FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity, binding; INVOLVED IN: protein ubiquitination; LOCATED IN: ubiquitin ligase complex; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: U box domain (InterPro:IPR003613), Armadillo-like helical (InterPro:IPR011989), Armadillo (InterPro:IPR000225), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein with ARM repeat domain (TAIR:AT5G62560.1); Has 3891 Blast hits to 2631 proteins in 222 species: Archae - 0; Bacteria - 8; Metazoa - 512; Fungi - 485; Plants - 2520; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 366 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:17644434..17645963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55104.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 509 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPQHNSPGET PTEFLCPITG FLMSDPVVVA SGQTFERISV QVCRNLSFAP KLHDGTQPDL STVIPNLAMK STILSWCDRN KMEHPRPPDY AYVEGVVRTR 101: MDSLPPGSGH RIAKSEILPP VAENSNSNSD YDSVMGAIRS RSRTSLSSTT SLPLHQTRPI NHSTRIQSSF STSDYSSFPP MSPEEEEIYN KLTSVDTIDH 201: EQGLIQLRKT TRSNETTRIS LCTDRILSLL RSLIVSRYNI VQTNAAASIV NLSLEKPNKL KIVRSGFVPL LIDVLKSGST EAQEHVIGAL FSLAVEEENK 301: MVIGVLGAVE PLLHALRSSE SERARQDAAL ALYHLSLIPN NRSRLVKAGA VPMMLSMIRS GESASRILLL LCNLAACSEG KGAMLDGNAV SILVGKLRES 401: GGAESDAAAR ENCVGALLTL SVGNMRFRGL ASEAGAEEIL TEIVESESGS GRLKEKASKI LQTLRGGGSE FGEGAEAREW NRMLEASGLS RSQFQQGGQK 501: GGFAYSSQF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)