AT3G47220.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.976 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : phosphatidylinositol-speciwc phospholipase C9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
phosphatidylinositol-speciwc phospholipase C9 (PLC9); FUNCTIONS IN: phosphoinositide phospholipase C activity, phospholipase C activity, phosphoric diester hydrolase activity; INVOLVED IN: signal transduction, intracellular signaling pathway, lipid metabolic process; EXPRESSED IN: male gametophyte, pollen tube; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific , X domain (InterPro:IPR000909), PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain (InterPro:IPR017946), C2 membrane targeting protein (InterPro:IPR018029), C2 calcium/lipid-binding domain, CaLB (InterPro:IPR008973), Phospholipase C, phosphoinositol-specific (InterPro:IPR001192), C2 calcium-dependent membrane targeting (InterPro:IPR000008), Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain (InterPro:IPR001711); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phosphatidylinositol-speciwc phospholipase C8 (TAIR:AT3G47290.1); Has 2576 Blast hits to 1856 proteins in 262 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1868; Fungi - 226; Plants - 282; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 200 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:17388119..17390443 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61168.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 531 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVNLRKKFEM KQANQPGRVP NYFRNKYHGY DDDMPNLLPT FIKLLDTEKD EDGAGLNAAE QIDRELKSRK CDILKFRNLT ILELPHLNEF LFSTELNPPI 101: SDQVRHRDMN APLSHYFIHT SLKSYFTGNN VFGRLYSIEP IIDALKQGVR VVELDLLPFG KDGICVRPKW NFEKPLELQE CLDAIKQHAF TPTRSYPVII 201: TIKDSLKPDL QSKVTQMIDQ TFGDMVYHED PQQSLEEFPS PAELQNKILI SRRPPTKLLY AKAVENGVEL EIQEGSTDKN YQSVVGFHAV EPRGMLQKAL 301: TDDVQQPGWY ERDVISFTQN KFLRTRPKKR NLLSNPPYKP QRAWMHGAQM IALSRQDDKE KLWLMQGMFR ANGGCGYVKK PNFLLNAGSS GVFYPTENPV 401: VVKTLKVKIY MGDGWIVDFK KRIGRLSKPD LYVRISIAGV PHDEKIMNTT VKNNEWKPTW GEEFTFPLTY PDLALISFEV YDYEVSTPDY FCGQTCLPVS 501: ELIEGIRAVP LYDERGKACS STMLLTRFKW S |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)