AT3G45130.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.982 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : lanosterol synthase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
lanosterol synthase 1 (LAS1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Terpene synthase, conserved site (InterPro:IPR002365), Terpenoid cylases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid (InterPro:IPR008930), Squalene cyclase (InterPro:IPR018333), Prenyltransferase/squalene oxidase (InterPro:IPR001330); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cycloartenol synthase 1 (TAIR:AT2G07050.1); Has 2160 Blast hits to 1916 proteins in 566 species: Archae - 4; Bacteria - 1015; Metazoa - 82; Fungi - 243; Plants - 610; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 206 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:16512552..16517522 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 86522.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 756 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MWRLKLSEGD EESVNQHVGR QFWEYDNQFG TSEERHHINH LRSNFTLNRF SSKHSSDLLY RFQCWKEKGK GMERLPQVKV KEGEERLINE EVVNVTLRRS 101: LRFYSILQSQ DGFWPGDYGG PLFLLPALVI GLYVTEVLDG TLTAQHQIEI RRYLYNHQNK DGGWGLHVEG NSTMFCTVLS YVALRLMGEE LDGGDGAMES 201: ARSWIHHHGG ATFIPSWGKF WLSVLGAYEW SGNNPLPPEL WLLPYSLPFH PGRMWCHCRM VYLPMSYLYG RRFVCRTNGT ILSLRRELYT IPYHHIDWDT 301: ARNQCAKEDL YYPHPKIQDV LWSCLNKFGE PLLERWPLNN LRNHALQTVM QHIHYEDQNS HYICIGPVNK VLNMLCCWVE SSNSEAFKSH LSRIKDYLWV 401: AEDGMKMQGY NGSQLWDVTL AVQAILATNL VDDYGLMLKK AHNYIKNTQI RKDTSGDPGL WYRHPCKGGW GFSTGDNPWP VSDCTAEALK AALLLSQMPV 501: NLVGEPMPEE HLVDAVNFIL SLQNKNGGFA SYELTRSYPE LEVINPSETF GDIIIDYQYV ECTSAAIQGL VLFTTLNSSY KRKEIVGSIN KAVEFIEKTQ 601: LPDGSWYGSW GVCFTYATWF GIKGMLASGK TYESSLCIRK ACGFLLSKQL CCGGWGESYL SCQNKVYTNL PGNKSHIVNT SWALLALIEA GQASRDPMPL 701: HRGAKSLINS QMEDGDYPQQ EILGVFNRNC MISYSAYRNI FPIWALGEYR KLMLSL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)