AT3G44600.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.961 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : cyclophilin71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Cyclophilin71 is a WD40 domain cyclophilin, which functions in gene repression, organogenesis and meristem development. CYP71 physically interacts with histone H3. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cyclophilin71 (CYP71); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclophilin-like (InterPro:IPR015891), Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin-type (InterPro:IPR002130), WD40-repeat-containing domain (InterPro:IPR017986), WD40/YVTN repeat-like-containing domain (InterPro:IPR015943), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), WD40 repeat, subgroup (InterPro:IPR019781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Cyclophilin-like peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein (TAIR:AT2G36130.1); Has 19122 Blast hits to 18688 proteins in 2726 species: Archae - 110; Bacteria - 7959; Metazoa - 3135; Fungi - 1772; Plants - 1406; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4740 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:16165368..16169201 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 70987.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 631 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEEESKNGGT TIPTEELAVV AVPPVVEEEE PMVGPGPAPR GKRKRPLQFE QAYLDSLPSA NMYEKSYMHR DVVTHVAVSA AEFFISGSMD GHLKFWKKKG 101: VGIEFAKHFR SHLGPIEGLA VSIDGLLCCT ISNDHAVKIY DVVNYDMMAM IRLPYIPGAV EWVYKQGDVK AKLAVSDRDS LFVHIYDPRS GSNEPIASKE 201: IHMNPIKVMK YNPVSDTMIS GDTKGIIEYW SATTLQFPED EVNFKLKSDT NLFEIIKCKT TISAIEVSPD GKQFSITAPD RRIRVFWFRT GKLRRVYDES 301: LVVAQDLQRS DAPLYRLEAI DFGRRMAVEK ELEKTESAPQ PNAVFDESSN FLIYATFLGI KVINLHTNTV ARILGKVESN ERYLRVALYQ GDQGGKKVRK 401: IPAAAANVNE SKEPLTDPTI LCCAFKKHRI YMFSRREPEE PEDASQGRDV FNEKPAADEL MSVSDIGNSA TTSLPENVIM HTTLGDIHMK LYPEECPKTV 501: ENFTTHCRNG YYDNHLFHRV IRGFMIQTGD PLGDGTGGQS IWGREFEDEF HKSLRHDRPF TLSMANAGPN TNGSQFFITT VATPWLDNKH TVFGRVVKGM 601: DVVQGIEKVK TDKNDRPYQD VKILNVTVPK S |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)