AT3G44480.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.498 plasma membrane 0.464 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Disease resistance protein (TIR-NBS-LRR class) family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a TIR-NB-LRR R-protein RPP1 that confers resistance to Peronospora parasitica (downy mildew). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
recognition of peronospora parasitica 1 (RPP1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NB-ARC (InterPro:IPR002182), Leucine-rich repeat (InterPro:IPR001611), Disease resistance protein (InterPro:IPR000767), Toll-Interleukin receptor (InterPro:IPR000157); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Disease resistance protein (TIR-NBS-LRR class) family (TAIR:AT3G44630.1); Has 46378 Blast hits to 25771 proteins in 899 species: Archae - 34; Bacteria - 2351; Metazoa - 4746; Fungi - 347; Plants - 36039; Viruses - 14; Other Eukaryotes - 2847 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:16090878..16096041 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 136140.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1194 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MGSVMSLGCS KRKATNQDVD SESRKRRKIC STNDAENCRF IQDESSWKHP WSLCANRVIS VAAVALTNFR FQQDNQESNS SSLSLPSPAT SVSRNWKHDV 0101: FPSFHGADVR RTFLSHIMES FRRKGIDTFI DNNIERSKSI GPELKEAIKG SKIAIVLLSR KYASSSWCLD ELAEIMKCRQ MVGQIVMTIF YEVDPTDIKK 0201: QTGEFGKAFT KTCRGKPKEQ VERWRKALED VATIAGYHSH SWRNEADMIE KISTDVSNML NSFTPSRDFD GLVGMRAHMD MLEQLLRLDL DEVRMIGIWG 0301: PPGIGKTTIA RFLFNQVSDR FQLSAIMVNI KGCYPRPCFD EYSAQLQLQN QMLSQMINHK DIMISHLGVA QERLRDKKVF LVLDEVDQLG QLDALAKETR 0401: WFGPGSRIII TTEDLGVLKA HGINHVYKVE YPSNDEAFQI FCMNAFGQKQ PHEGFDEIAW EVTCLAGELP LGLKVLGSAL RGKSKREWER TLPRLKTSLD 0501: GKIGSIIQFS YDVLCDEDKY LFLYIACLFN GESTTKVKEL LGKFLDVKQG LHLLAQKSLI SFDGERIHMH TLLEQFGRET SRKQFVHHGF TKRQLLVGAR 0601: GICEVLDDDT TDSRRFIGIH LELSNTEEEL NISEKVLERV HDFHFVRIDA SFQPERLQLA LQDLIYHSPK IRSLNWYGYE SLCLPSTFNP EFLVELDMRS 0701: SNLRKLWEGT KQLRNLKWMD LSYSSYLKEL PNLSTATNLE ELKLRNCSSL VELPSSIEKL TSLQILDLEN CSSLEKLPAI ENATKLRELK LQNCSSLIEL 0801: PLSIGTATNL KQLNISGCSS LVKLPSSIGD ITDLEVFDLS NCSSLVTLPS SIGNLQNLCK LIMRGCSKLE ALPININLKS LDTLNLTDCS QLKSFPEIST 0901: HISELRLKGT AIKEVPLSIM SWSPLADFQI SYFESLMEFP HAFDIITKLH LSKDIQEVPP WVKRMSRLRD LSLNNCNNLV SLPQLSDSLD YIYADNCKSL 1001: ERLDCCFNNP EIRLYFPKCF KLNQEARDLI MHTCIDAMFP GTQVPACFIH RATSGDSLKI KLKESPLPTT LRFKACIMLV KVNEELMSYD QTPMIVDIVI 1101: RDEHNDLKEK IYPSIYPSIY PLLTEHIYTF ELDVEEVTST ELVFEFPQLN KRNWKIGECG ILQRETRSLR RSSSPDLSPE SSRVSSYDHC LRGD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)