AT3G25030.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.998 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT4G13100.1); Has 841 Blast hits to 830 proteins in 153 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 404; Fungi - 82; Plants - 212; Viruses - 11; Other Eukaryotes - 132 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:9122650..9123402 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27834.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 250 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIQMDGGDRL RVTLLDRMST VESSRSCLTL EAILMADKNR TSPQILSPPP SRSQSNRSLV EVMQREHRHS RDKTAWKSLR EKLRLKRNGS VWISSNSIPS 101: LDTPIPNRDN VSHQLGFLLS NSGNVTEEAS SVEGRIRLGA VLAEERALSA REEETPAERE VEPARMSLME LLEENEGQMS FVSVDGEAEE EVAAVTAAEI 201: SCCVCMVRSK GAAFIPCGHT FCRLCSRELW VQRGNCPLCN TTILEVLDLF |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)