AT3G22330.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : putative mitochondrial RNA helicase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
DEAD-box protein required for efficient group II intron splicing in mitochondria. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
putative mitochondrial RNA helicase 2 (PMH2); FUNCTIONS IN: helicase activity, ATP-dependent helicase activity, ATP binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: response to cold, Group II intron splicing; LOCATED IN: mitochondrion, nucleolus, cell wall, protein complex; EXPRESSED IN: guard cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA helicase, DEAD-box type, Q motif (InterPro:IPR014014), DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal (InterPro:IPR011545), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DEAD box RNA helicase (RH3) (TAIR:AT5G26742.2); Has 113280 Blast hits to 72794 proteins in 3598 species: Archae - 1390; Bacteria - 52148; Metazoa - 22767; Fungi - 9352; Plants - 8202; Viruses - 661; Other Eukaryotes - 18760 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:7892641..7895145 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 65363.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 616 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MITTVLRRSL LDASKRNLSA SLTSINTVLF HNLAPAATRV SDLALIGSSD VKAGFPFGVE AKGIHFQSGP LDFRASMVSQ AGFAISESSE RRVGDSESVG 101: GDGLAISELG ISPEIVKALS SKGIEKLFPI QKAVLEPAME GRDMIGRART GTGKTLAFGI PIIDKIIKYN AKHGRGRNPL CLVLAPTREL ARQVEKEFRE 201: SAPSLDTICL YGGTPIGQQM RQLDYGVDVA VGTPGRVIDL MKRGALNLSE VQFVVLDEAD QMLQVGFAED VEIILEKLPE KRQSMMFSAT MPSWIRSLTK 301: KYLNNPLTVD LVGDSDQKLA DGITTYSIIA DSYGRASIIG PLVTEHAKGG KCIVFTQTKR DADRLSYALA RSFKCEALHG DISQSQRERT LAGFRDGHFN 401: ILVATDVAAR GLDVPNVDLI IHYELPNNTE TFVHRTGRTG RAGKKGSAIL IYSQDQSRAV KIIEREVGSR FTELPSIAVE RGSASMFEGI GSRSGGSFGG 501: GMRDRGSSFG GRSGGGGYGG SSGGYGGGRS GGSSNRYSGD SDRSGFGSFG MRSPEGYGSD RSSQSGGRSS FGGGRSGGSS NNRSSGFGDF GSDRSSQSGG 601: RSSFGGFGSN DGKRSY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)