AT3G20600.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Late embryogenesis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Required for non-race specific resistance to bacterial and fungal pathogens.Mediates systemic acquired resistance (SAR) response. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
non race-specific disease resistance 1 (NDR1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Late embryogenesis abundant protein, group 2 (InterPro:IPR004864); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Late embryogenesis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family (TAIR:AT3G20590.1); Has 471 Blast hits to 471 proteins in 25 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 471; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:7194877..7195536 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24675.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 219 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNNQNEDTEG GRNCCTCCLS FIFTAGLTSL FLWLSLRADK PKCSIQNFFI PALGKDPNSR DNTTLNFMVR CDNPNKDKGI YYDDVHLNFS TINTTKINSS 101: ALVLVGNYTV PKFYQGHKKK AKKWGQVKPL NNQTVLRAVL PNGSAVFRLD LKTQVRFKIV FWKTKRYGVE VGADVEVNGD GVKAQKKGIK MKKSDSSFPL 201: RSSFPISVLM NLLVFFAIR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)