AT3G19220.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : protein disulfide isomerases | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a zinc finger protein that is similar to a subgroup of DnaJ and is involved in cotyledon chloroplast biogenesis. Cyo1 is localized to the thylakoid membrane and has protein disulfide isomerase activity in vivo.Cyo1 is more highly expressed in light grown seedlings. Loss of function mutants have albino cotyledons and abnormal plastids. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SNOWY COTYLEDON 2 (SCO2); Has 34 Blast hits to 34 proteins in 14 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 34; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:6659207..6660488 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 20843.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 187 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFRLYPNCSL PSHRPLVFLP RLPSRSLRCR AAADIPLGDG IRLPREADST SDTARSRDVS VAAGGNGEGA KWRKRRLLWS KSGESYLVDD GDALPLPMTY 101: PDTSPVSPDV IDRRLQCDPV VEDCREVVYE WTGKCRSCQG SGTVSYYKKR GKEVICKCIP CQGIGYVQKI TSRTDIEVME DLDNEPS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)