AT3G17820.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : glutamine synthetase 1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a cytosolic glutamine synthetase, the enzyme has low affinity with substrate ammonium | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
glutamine synthetase 1.3 (GLN1.3); FUNCTIONS IN: glutamate-ammonia ligase activity, copper ion binding; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: cytosol, cytosolic ribosome, chloroplast, plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 17 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glutamine synthetase, catalytic domain (InterPro:IPR008146), Glutamine synthetase, beta-Grasp (InterPro:IPR008147), Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain (InterPro:IPR014746); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glutamine synthase clone R1 (TAIR:AT5G37600.1); Has 10255 Blast hits to 10251 proteins in 3319 species: Archae - 147; Bacteria - 5273; Metazoa - 413; Fungi - 249; Plants - 1750; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 2420 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:6097503..6099408 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38596.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 354 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSLLSDLVNL NLTDATGKII AEYIWIGGSG MDIRSKARTL PGPVTDPSKL PKWNYDGSST GQAAGEDSEV ILYPQAIFKD PFRKGNNILV MCDAYTPAGD 101: PIPTNKRHNA AKIFSHPDVA KEEPWYGIEQ EYTLMQKDVN WPIGWPVGGY PGPQGPYYCG VGADKAIGRD IVDAHYKACL YAGIGISGIN GEVMPGQWEF 201: QVGPVEGISS GDQVWVARYL LERITEISGV IVSFDPKPVP GDWNGAGAHC NYSTKTMRND GGLEVIKKAI GKLQLKHKEH IAAYGEGNER RLTGKHETAD 301: INTFSWGVAN RGASVRVGRD TEKEGKGYFE DRRPASNMDP YVVTSMIAET TILG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)