AT3G17470.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 0.999 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Ca2+-activated RelA/spot homolog | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Ca2+-activated RelA/spot homolog (CRSH); FUNCTIONS IN: GTP diphosphokinase activity, calcium ion binding; INVOLVED IN: guanosine tetraphosphate metabolic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: EF-Hand 1, calcium-binding site (InterPro:IPR018247), EF-HAND 2 (InterPro:IPR018249), EF-hand-like domain (InterPro:IPR011992), Calcium-binding EF-hand (InterPro:IPR002048), EF-hand (InterPro:IPR018248), RelA/SpoT (InterPro:IPR007685); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RELA/SPOT homolog 3 (TAIR:AT1G54130.1); Has 14021 Blast hits to 13962 proteins in 3173 species: Archae - 6; Bacteria - 8120; Metazoa - 1259; Fungi - 992; Plants - 727; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2917 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:5979868..5981968 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 66582.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 583 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSVIRPSPIP IPRCRSQVLH RRLYSIQLIQ RRRRRWNPRS EVEDTAIEST ARSPEAAGGK MVVELVGAFN EVTERMNSVW LSTSSSRLLF KALKLSIPIL 101: QSLPLASDGR SPLSKALSLS IILADLQMDA EVISASILSE VVDANAISIY EVRDHIGTGT AHLLHEIFRV KNIPFKVDVL DDETAASLRK FYLTYYDIRA 201: VIMDLVSKLD EMRHLDHLPR YRQQILSLEV LKIYSPLAHA VGANHLSLEL EDISFRYLFP CSYIYLDSWL RGHENGSKPL IDVYKEQLHR SLKDDLVLAE 301: MVNDVYIKGR YKSRYSMMKK LLRDGRKPEE VNDVLGLRVI LMPNSVVNDV EVGEKACYRT SEIIRSLWKE IPHRTKDYIA RPKENGYRSL HMAVDVSDSD 401: QIRPLMEIQI RTMDMDGSAN AGTASHSLYK GGLTDPKEAK RLKAIMLAAA DLAAIRLKDI SSNKHQSFKT TTNQRDRVFC LLDKNGDGMI SIEELMEVME 501: ELGAPGEDAE EMMQLLDSNS DGSLSSDEFD TFQKQVEFMR KWEDRDNEYK SLLDEKLHDL PHQDTTGLIQ LYNKELEDRL STH |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)