AT3G14100.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein; FUNCTIONS IN: mRNA 3'-UTR binding; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: oligouridylate-binding protein 1A (TAIR:AT1G54080.1); Has 33134 Blast hits to 32894 proteins in 1695 species: Archae - 47; Bacteria - 3311; Metazoa - 12038; Fungi - 6892; Plants - 9686; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 1157 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:4673027..4675950 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47091.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 427 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQNPRLKQHQ QQQQQQAMMQ QQALMQQHSL YHPGVLAPPQ LEPVPSGNLP PGFDPSTCRS VYVGNIHTQV TEPLLQEIFT STGPVESSKL IRKDKSSYGF 101: VHYFDRRSAA LAILSLNGRH LFGQPIKVNW AYATGQREDT SSHFNIFVGD LSPEVTDATL YQSFSVFSSC SDARVMWDQK TGRSRGFGFV SFRNQQDAQT 201: AINEMNGKWL SSRQIRCNWA TKGATSGDDK LSSDGKSVVE LTTGSSEDGK ETLNEETPEN NSQFTTVYVG NLAPEVTQLD LHRYFHALGA GVIEEVRVQR 301: DKGFGFVRYN THPEAALAIQ MGNTQPYLFN RQIKCSWGNK PTPPGTASNP LPPPAPAPVP GLSAADLLNY ERQLALSKMA SVNALMHQQG QHPLRQAHGI 401: NAAGATAAMY DGGFQNVAAA QQLMYYQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)