AT3G13170.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Spo11/DNA topoisomerase VI, subunit A protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes AtSPO11-1, one of the three Arabidopsis homologues of the archaeal DNA topoisomerase VIA subunit (topo VIA). Required for meiotic recombination. AtSPO11-1 and AtSPO11-2 have overlapping functions (i.e. both required for meiotic recombination) whereas AtSPO11-3 functions in DNA replication. AtSPO11-1 accumulates in foci in early G2. At 1 h post-S phase, no foci are observed, but by 3 h a majority (80%) of meiocytes at this time point contain >50 foci. However, by 5 h, AtSPO11-1 foci are no longer detectable. This suggests that the protein undergoes a rapid cycle of accumulation and disappearance in meiocytes over a period of between 1 and 5 h post-S phase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ATSPO11-1; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Spo11/DNA topoisomerase VI, subunit A, N-terminal (InterPro:IPR013049), Meiotic recombination, Spo11 (InterPro:IPR013048), Spo11/DNA topoisomerase VI, subunit A (InterPro:IPR002815); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Spo11/DNA topoisomerase VI, subunit A protein (TAIR:AT5G02820.1); Has 908 Blast hits to 908 proteins in 313 species: Archae - 216; Bacteria - 16; Metazoa - 170; Fungi - 122; Plants - 151; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 233 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:4231560..4234192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41806.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 362 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEGKFAISES TNLLQRIKDF TQSVVVDLAE GRSPKISINQ FRNYCMNPEA DCLCSSDKPK GQEIFTLKKE PQTYRIDMLL RVLLIVQQLL QENRHASKRD 101: IYYMHPSAFK AQSIVDRAIG DICILFQCSR YNLNVVSVGN GLVMGWLKFR EAGRKFDCLN SLNTAYPVPV LVEEVEDIVS LAEYILVVEK ETVFQRLAND 201: MFCKTNRCIV ITGRGYPDVS TRRFLRLLME KLHLPVHCLV DCDPYGFEIL ATYRFGSMQM AYDIESLRAP DMKWLGAFPS DSEVYSVPKQ CLLPLTEEDK 301: KRTEAMLLRC YLKREMPQWR LELETMLKRG VKFEIEALSV HSLSFLSEVY IPSKIRREVS SP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)