AT3G12680.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : floral homeotic protein (HUA1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Member of the floral homeotic AGAMOUS pathway. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ENHANCER OF AG-4 1 (HUA1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, CCCH-type (InterPro:IPR000571); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein (TAIR:AT2G47850.3); Has 2136 Blast hits to 795 proteins in 118 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 325; Fungi - 89; Plants - 1572; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 150 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:4025276..4028999 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 57656.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 524 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAHRQLYSYA LQPSYAAAAS TVSPAPPPPQ QPLPPKTGLS SLYGSSADHY FPDTTYRFLA RDGSEALSNY SGTLASSSSM YHHLPNTTAS HLAYPQLLQH 101: QEVAWPPGVE VPGAASAVEP LPPGVKRTSE ALYYPTLLGA HNTIGQTEAW YTTDYFTKRP KLESTSHLPI YPQRAGEKDC THYMQTRTCK FGESCRFDHP 201: IWVPEGGIPD WKEAPVVPNE EYPERPGEPD CPYYIKTQRC KYGSKCKFNH PREEAAVSVE TQDSLPERPS EPMCTFYMKT GKCKFGLSCK FHHPKDIQLP 301: SSSQDIGSSV GLTSEPDATN NPHVTFTPAL YHNSKGLPVR SGEVDCPFYL KTGSCKYGAT CRYNHPERTA FIPQAAGVNY SLVSSNTANL NLGLVTPATS 401: FYQTLTQPTL GVISATYPQR PGQSECDYYM KTGECKFGER CKFHHPADRL SAMTKQAPQQ PNVKLSLAGY PRREGALNCP YYMKTGTCKY GATCKFDHPP 501: PGEVMAKTTS EADAAGATNT DTTQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)