AT3G12250.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : TGACG motif-binding factor 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
basic leucine zipper transcription factor involved in the activation of SA-responsive genes. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TGACG motif-binding factor 6 (TGA6); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor (InterPro:IPR004827), bZIP transcription factor, bZIP-1 (InterPro:IPR011616), DNA/RNA non-specific endonuclease, active site (InterPro:IPR018524); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: bZIP transcription factor family protein (TAIR:AT5G06950.4); Has 938 Blast hits to 938 proteins in 84 species: Archae - 0; Bacteria - 18; Metazoa - 12; Fungi - 10; Plants - 838; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 60 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:3906351..3908583 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36852.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 330 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MADTSSRTDV STDGDTDHRD LGSDRGHMHA AASDSSDRSK DKLDQKTLRR LAQNREAARK SRLRKKAYVQ QLENSRLKLT QLEQELQRAR QQGVFISSSG 101: DQAHSTGGNG ALAFDAEHSR WLEEKNRQMN ELRSALNAHA GDTELRIIVD GVMAHYEELF RIKSNAAKND VFHLLSGMWK TPAERCFLWL GGFRSSELLK 201: LLANQLEPMT ERQVMGINSL QQTSQQAEDA LSQGMESLQQ SLADTLSSGT LGSSSSDNVA SYMGQMAMAM GQLGTLEGFI RQADNLRLQT LQQMLRVLTT 301: RQSARALLAI HDYSSRLRAL SSLWLARPRE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)