AT3G12220.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : serine carboxypeptidase-like 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
serine carboxypeptidase-like 16 (scpl16); FUNCTIONS IN: serine-type carboxypeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: endomembrane system; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase S10, serine carboxypeptidase (InterPro:IPR001563); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: serine carboxypeptidase-like 14 (TAIR:AT3G12230.1); Has 3960 Blast hits to 3875 proteins in 462 species: Archae - 0; Bacteria - 498; Metazoa - 629; Fungi - 839; Plants - 1565; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 429 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:3896531..3898915 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49239.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 435 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGSWIPKLLL LQLVLLLTKH ADSSSIIKYL PGFEGPLPFE LETGYIGVGE EDEDQMFYYF IKSESNPKTD PLLLWLSGGP GCSSFTGLIY ENGPLGFKVE 101: AYNGSIPTLV STTYSWTKVA NIIYLDQPVG TGFSYSRNPL ADIPSDTGSA KRVDEFLRKW LTKHPEYFSN PFYAGGNSYS GKMVPVIVQE ISNGNCIYGK 201: PQIRLQGYVL GSPVTDYDLD RNSRIQFAHG MALISNELYE SMKRTCGGNY IFVDPLNTEC LELIKDYDNC VSGIYENLIL VPKCDLTSPD CHSYRSMLSD 301: YWANNESVRR ALKVVEGTTG RWERCKWTLQ NNKDIKSSIP YHKKNSIQGY RSLIFSGDHD MLTPYVGTQD WIRSLNYSII DKWRPWMILD QVAGYTTTYA 401: NKMTFATVKG GGHTLDYKPD ENSILFKRWI SGQLL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)