AT3G10700.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : galacturonic acid kinase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a GHMP kinase family protein that acts as a galacturonic acid-1-phosphate kinase that catalyzes the production of galacturonic acid-1-phosphate. This is a precursor of the important cell wall building block UDP-galacturonic acid. Based on gene trap line GT8007, the gene appears to be expressed in a petal and stamen-specific manner, between flower stages 8 to 11, however, later RT-qPCR analysis demonstrates that the transcript is present throughout the plant in all tissues tested. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
galacturonic acid kinase (GalAK); FUNCTIONS IN: ATP binding, galactokinase activity, galacturonokinase activity; INVOLVED IN: carbohydrate phosphorylation, D-galacturonate metabolic process; LOCATED IN: cytoplasm; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Galactokinase (InterPro:IPR000705), Mevalonate/galactokinase (InterPro:IPR006206), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold (InterPro:IPR020568), GHMP kinase (InterPro:IPR006204), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup (InterPro:IPR014721), GHMP kinase, C-terminal (InterPro:IPR013750); Has 3493 Blast hits to 3446 proteins in 1360 species: Archae - 42; Bacteria - 2414; Metazoa - 241; Fungi - 181; Plants - 121; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 494 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:3346789..3350863 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45731.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 424 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSWPTDSELN SIKEAVAQMS GRDKGEVRVV VAPYRICPLG AHIDHQGGTV SAMTINKGIL LGFVPSGDTQ VQLRSAQFEG EVCFRVDEIQ HPIGLANKNG 101: ASTPSPSKEK SIWGTYARGA VYALQSSKKN LKQGIIGYLS GSNGLDSSGL SSSAAVGVAY LLALENANEL TVSPTENIEY DRLIENGYLG LRNGILDQSA 201: ILLSNYGCLT YMDCKTLDHE LVQAPELEKP FRILLAFSGL RQALTTNPGY NLRVSECQEA AKVLLTASGN SELEPTLCNV EHAVYEAHKH ELKPVLAKRA 301: EHYFSENMRV IKGREAWASG NLEEFGKLIS ASGLSSIENY ECGAEPLIQL YKILLKAPGV YGARFSGAGF RGCCLAFVDA EKAEAAASYV KDEYEKAQPE 401: FANNLNGGKP VLICEAGDAA RVLL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)