AT3G10113.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Homeodomain-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Homeodomain-like superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), HTH transcriptional regulator, Myb-type, DNA-binding (InterPro:IPR017930), Myb-like DNA-binding domain, SHAQKYF class (InterPro:IPR006447); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Homeodomain-like superfamily protein (TAIR:AT1G18330.2); Has 1478 Blast hits to 1458 proteins in 141 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 111; Fungi - 27; Plants - 1117; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 223 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:3118043..3119391 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37607.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 336 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVMMIIIYTE PEISLFPLQD RSEELSSNVE NGSCNSNEGI NPETSSHWIE NVVKVRKPYT VTKQREKWSE EEHDRFLEAI KLYGRGWRQI QEHIGTKTAV 101: QIRSHAQKFF SKMAQEADSR SEGSVKAIVI PPPRPKRKPA HPYPRKSPVP YTQSPPPNLS AMEKGTKSPT SVLSSFGSED QNNYTTSKQP FKDDSDIGST 201: PISSITLFGK IVLVAEESHK PSSYNDDDLK QMTCQENHYS GMLVDTNLSL GVWETFCTGS NAFGSVTEAS ENLEKSAEPI SSSWKRLSSL EKQGSCNPVN 301: ASGFRPYKRC LSEREVTSSL TLVASDEKKS QRARIC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)