AT3G09660.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : minichromosome maintenance 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
minichromosome maintenance 8 (MCM8); FUNCTIONS IN: nucleoside-triphosphatase activity, DNA-dependent ATPase activity, DNA binding, nucleotide binding, ATP binding; INVOLVED IN: DNA-dependent DNA replication initiation, DNA replication; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: shoot apex, embryo, flower, seed; EXPRESSED DURING: F mature embryo stage, petal differentiation and expansion stage, E expanded cotyledon stage, D bilateral stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), DNA-dependent ATPase MCM (InterPro:IPR001208); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Minichromosome maintenance (MCM2/3/5) family protein (TAIR:AT2G16440.1); Has 4027 Blast hits to 3851 proteins in 539 species: Archae - 371; Bacteria - 134; Metazoa - 1249; Fungi - 930; Plants - 423; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 917 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:2961314..2966166 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 85885.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 777 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGFYGGGSMA SGRPESTGID SLGIGKILAV YIKDNENLAI DEDKLQLTAE LIRVFSASPG RDIVSQVNED GGGSFSLSLD LQQFKKISDI ENFFINLEDN 101: PKGVIPCMNA AVHKVLFDQW ETNEFENVMK INVRLHNYPE SSISLKNLRA AYIGKLVTVH GTVVKVSTVK PLVTQMAFDC GKCKTGITRE FTDGKFSPPL 201: KCDSHGCKSK TFTPIRSSAQ TIDFQKIRVQ ELQKPEDHEE GRVPRTVECE LMEDLVDICI PGDVVTVTGI IGVINNYMDI GGGKSKTKNQ GFYYLFIEAV 301: SVKNTKRQSA FENSEDSSSS AQTADVGDLY SFSQRDLEFI VKFKEEYGSD TFRRILHSVC PSIYGHEIVK AGITLSLFGG VRKHSMDRNK VPVRGDIHVI 401: IVGDPGLGKS QLLQAAAAIS PRGIYVCGNA TTRAGLTVAV VKDSMTNDYA FEAGAMVLAD GGLCCIDEFD KMTTEHQALL EAMEQQCVSV AKAGLVASLS 501: ARTSVIAAAN PVGGHYNRAK TVNENLKMSA ALLSRFDLVF ILLDKPDELL DKQVSEHIMS HHRMLGMQTC MQKGILYFQD CGWTLRKMTT FLRFLANCLG 601: NIFPMHGILM SKDAGEIIQK FYLKLRDHNT SADSTPITAR QLESLVRLAQ ARARVDLREE ITVQDAMDVV EIMKESLYDK LIDEHGVVDF GRSGGMSQQK 701: EAKRFLSALD KQSELQQKDC FSVSEMYSLA DRIGLRVPDI DTFLENLNIA GYLLKKGPKT YQVLSSSYSR SQSSRSR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)