AT3G09090.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : defective in exine formation protein (DEX1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes DEX1 (defective in exine formation). Required for exine pattern formation during pollen development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
DEFECTIVE IN EXINE FORMATION 1 (DEX1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: FG-GAP (InterPro:IPR013517); Has 2821 Blast hits to 1844 proteins in 419 species: Archae - 49; Bacteria - 1116; Metazoa - 317; Fungi - 227; Plants - 62; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 1045 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:2782912..2787552 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 99716.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 896 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKSRARQCLL VCLLCLSLTN LSYGENKFRE RKATDDELGY PDIDEDALLN TQCPKKLELR WQTEVTSSVY ATPLIADINS DGKLDIVVPS FVHYLEVLEG 101: ADGDKMPGWP AFHQSNVHSS PLLFDIDKDG VREIALATYN AEVLFFRVSG FLMSDKLEVP RRKVHKNWHV GLNPDPVDRS HPDVHDDVLE EEAMAMKSST 201: TQTNATTTTP NVTVSMTKEV HGANSYVSTQ EDQKRPENNQ TEAIVKPTPE LHNSSMDAGA NNLAANATTA GSRENLNRNV TTNEVDQSKI SGDKNETVIK 301: LNTSTGNSSE TLGTSGNSST AETVTKSGRR LLEEDGSKES VDSHSDSKDN SEGVRMATVE NDGGLEADAD SSFELLREND ELADEYSYDY DDYVDEKMWG 401: DEEWVEGQHE NSEDYVNIDA HILCTPVIAD IDKDGVQEMI VAVSYFFDPE YYDNPEHLKE LGGIDIKNYI ASSIVVFNLD TKQVKWIKEL DLSTDKANFR 501: AYIYSSPTVV DLDGDGYLDI LVGTSFGLFY AMDHRGNIRE KFPLEMAEIQ GAVVAADIND DGKIELVTTD SHGNIAAWTT QGVEIWEAHL KSLVPQGPSI 601: GDVDGDGHTE VVVPTSSGNI YVLSGKDGSI VRPYPYRTHG RVMNQLLLVD LNKRGEKKKG LTIVTTSFDG YLYLIDGPTS CTDVVDIGET SYSMVLADNV 701: DGGDDLDLIV STMNGNVFCF STPSPHHPLK AWRSSDQGRN NKANRYDREG VFVTHSTRGF RDEEGKNFWA EIEIVDKYRY PSGSQAPYNV TTTLLVPGNY 801: QGERRITQSQ IYDRPGKYRI KLPTVGVRTT GTVMVEMADK NGLHFSDEFS LTFHMYYYKL LKWLLVLPML GMFGLLVILR PQEAVPLPSF SRNTDL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)