AT3G02920.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Replication protein A, subunit RPA32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RPA32B; FUNCTIONS IN: nucleic acid binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), Replication protein A, subunit RPA32 (InterPro:IPR014646), Replication protein A, C-terminal (InterPro:IPR014892), Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type (InterPro:IPR004365); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: replicon protein A2 (TAIR:AT2G24490.2); Has 524 Blast hits to 524 proteins in 181 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 241; Fungi - 124; Plants - 108; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 51 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:651844..654189 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30958.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 278 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MYGGDFDGNA AFAGGGFMPS QATTQAHESS SSLKNRDVRT LLPLTLKQLS SASTTGESNF SIDGVDIKTV VIVGRISRME NRITQVDFVV DDGTGWVDCV 101: RWCHARQETE EMEAVKLGMY VRLHGHLKIF QGKRSVNVFS VRPVTDFNEI VHHFTECMYV HMYNTKLRGG SITQDTATPR PQMPYSTMPT PAKPYQTGPS 201: NQFPNQFNDS MHGVKQTVLN YLNQPMHIVS EAGVHCDIIA RELRIPLLQV KEALEQLSND GCIYSTLDET CFKSTANA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)