AT2G48120.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : pale cress protein (PAC) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
The pale cress (pac) mutant affects chloroplast and leaf development; mutants are ABA-deficient and accumulate lower levels of carotenoids and chlorophyll compared to wild type. PAC is probably involved in chloroplast mRNA maturation. Three alternative transcripts of this gene exist. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
PALE CRESS (PAC); Has 504 Blast hits to 478 proteins in 108 species: Archae - 0; Bacteria - 11; Metazoa - 283; Fungi - 39; Plants - 50; Viruses - 8; Other Eukaryotes - 113 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:19679870..19681351 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36613.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 313 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAATSLVLTC ASPLFSSPRV ISATKKLTTE LSISTAKFRR RCSGNNDEVL LEGMPPEYYD DEWQARQREK TKELRRMQRE EEEEEERKIE EYREIGTRLK 101: EFPEQDLRKA RKLVSSFIRA AEEVEERIEE AAEKGELDEL VLMIIWNRLD LARRDDEKDA IRSLDLLYRR VETEILKRQA SPAMKLLNDL LNMHDGFEDD 201: AWLKDCRKRM AETFPREDPF SILMPPGFDI DMHQGQLRPP IETETDNTLL RVDFVREVDA LLQEVRIEED ATTGSKGEGL DPEAIALKFK QQEKQRTIRQ 301: IEAILDLALN LKW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)