AT2G47580.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : spliceosomal protein U1A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes spliceosomal protein U1A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
spliceosomal protein U1A (U1A); FUNCTIONS IN: RNA binding, nucleotide binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: response to salt stress, nuclear mRNA splicing, via spliceosome; LOCATED IN: nucleolus, nucleus, U1 snRNP; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: U2 small nuclear ribonucleoprotein B (TAIR:AT2G30260.1); Has 2473 Blast hits to 2417 proteins in 290 species: Archae - 0; Bacteria - 37; Metazoa - 1259; Fungi - 517; Plants - 407; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 252 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:19517229..19518686 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28076.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 250 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEMQEANQGG GSEVSPNQTI YINNLNEKVK LDELKKSLNA VFSQFGKILE ILAFKTFKHK GQAWVVFDNT ESASTAIAKM NNFPFYDKEM RIQYAKTKSD 101: VVAKADGTFV PREKRKRHEE KGGGKKKKDQ HHDSTQMGMP MNSAYPGVYG AAPPLSQVPY PGGMKPNMPE APAPPNNILF VQNLPHETTP MVLQMLFCQY 201: QGFKEVRMIE AKPGIAFVEF ADEMQSTVAM QGLQGFKIQQ NQMLITYAKK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)