AT2G47240.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.531 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : AMP-dependent synthetase and ligase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes an acyl-CoA synthetase that acts on long-chain and very-long-chain fatty acids, involved in cuticular wax and cutin biosynthesis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
LONG-CHAIN ACYL-COA SYNTHASE 1 (LACS1); FUNCTIONS IN: long-chain fatty acid-CoA ligase activity, very long-chain fatty acid-CoA ligase activity; INVOLVED IN: fatty acid biosynthetic process, cutin biosynthetic process, wax biosynthetic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 29 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: AMP-binding, conserved site (InterPro:IPR020845), AMP-dependent synthetase/ligase (InterPro:IPR000873); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: AMP-dependent synthetase and ligase family protein (TAIR:AT4G23850.1); Has 55133 Blast hits to 51773 proteins in 3295 species: Archae - 1024; Bacteria - 35525; Metazoa - 2495; Fungi - 1959; Plants - 1853; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 12276 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:19393835..19397616 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 74602.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 660 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKSFAAKVEE GVKGIDGKPS VGPVYRNLLS EKGFPPIDSE ITTAWDIFSK SVEKFPDNNM LGWRRIVDEK VGPYMWKTYK EVYEEVLQIG SALRAAGAEP 101: GSRVGIYGVN CPQWIIAMEA CAAHTLICVP LYDTLGSGAV DYIVEHAEID FVFVQDTKIK GLLEPDCKCA KRLKAIVSFT NVSDELSHKA SEIGVKTYSW 201: IDFLHMGREK PEDTNPPKAF NICTIMYTSG TSGDPKGVVL THQAVATFVV GMDLYMDQFE DKMTHDDVYL SFLPLAHILD RMNEEYFFRK GASVGYYHGN 301: LNVLRDDIQE LKPTYLAGVP RVFERIHEGI QKALQELNPR RRFIFNALYK HKLAWLNRGY SHSKASPMAD FIAFRKIRDK LGGRIRLLVS GGAPLSPEIE 401: EFLRVTCCCF VVQGYGLTET LGGTALGFPD EMCMLGTVGI PAVYNEIRLE EVSEMGYDPL GENPAGEICI RGQCMFSGYY KNPELTEEVM KDGWFHTGDI 501: GEILPNGVLK IIDRKKNLIK LSQGEYVALE HLENIFGQNS VVQDIWVYGD SFKSMLVAVV VPNPETVNRW AKDLGFTKPF EELCSFPELK EHIISELKST 601: AEKNKLRKFE YIKAVTVETK PFDVERDLVT ATLKNRRNNL LKYYQVQIDE MYRKLASKKI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)