AT2G30575.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.806 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : los glycosyltransferase 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with putative galacturonosyltransferase activity. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
los glycosyltransferase 5 (LGT5); FUNCTIONS IN: polygalacturonate 4-alpha-galacturonosyltransferase activity, transferase activity, transferring glycosyl groups; INVOLVED IN: carbohydrate biosynthetic process; LOCATED IN: endomembrane system; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycosyl transferase, family 8 (InterPro:IPR002495); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: galacturonosyltransferase 6 (TAIR:AT1G06780.1); Has 1483 Blast hits to 1481 proteins in 282 species: Archae - 0; Bacteria - 397; Metazoa - 163; Fungi - 22; Plants - 825; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 76 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:13020564..13023906 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 69889.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 610 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNQVRRWQRI LILSLLLLSV LAPIVFVSNR LKSITSVDRG EFIEELSDIT DKTEDELRLT AIEQDEEGLK EPKRILQDRD FNSVVLSNSS DKSNDTVQSN 101: EGDQKNFLSE VDKGNNHKPK EEQAVSQKTT VSSNAEVKIS ARDIQLNHKT EFRPPSSKSE KNTRVQLERA TDERVKEIRD KIIQAKAYLN LALPGNNSQI 201: VKELRVRTKE LERATGDTTK DKYLPKSSPN RLKAMEVALY KVSRAFHNCP AIATKLQAMT YKTEEQARAQ KKQAAYLMQL AARTTPKGLH CLSMRLTTEY 301: FTLDHEKRQL LQQSYNDPDL YHYVVFSDNV LASSVVVNST ISSSKEPDKI VFHVVTDSLN YPAISMWFLL NPSGRASIQI LNIDEMNVLP LYHAELLMKQ 401: NSSDPRIISA LNHARFYLPD IFPGLNKIVL FDHDVVVQRD LTRLWSLDMT GKVVGAVETC LEGDPSYRSM DSFINFSDAW VSQKFDPKAC TWAFGMNLFD 501: LEEWRRQELT SVYLKYFDLG VKGHLWKAGG LPVGWLTFFG QTFPLEKRWN VGGLGHESGL RASDIEQAAV IHYDGIMKPW LDIGIDKYKR YWNIHVPYHH 601: PHLQRCNIHD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)