AT2G28260.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.989 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cyclic nucleotide-gated channel 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of Cyclic nucleotide gated channel family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cyclic nucleotide-gated channel 15 (CNGC15); FUNCTIONS IN: cyclic nucleotide binding, calmodulin binding, cation channel activity; INVOLVED IN: potassium ion transport, ion transport, transmembrane transport; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclic nucleotide-binding (InterPro:IPR000595), Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG (InterPro:IPR003938), Ion transport (InterPro:IPR005821), Cyclic nucleotide-binding-like (InterPro:IPR018490), RmlC-like jelly roll fold (InterPro:IPR014710), IQ calmodulin-binding region (InterPro:IPR000048); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cyclic nucleotide-gated channel 14 (TAIR:AT2G24610.1); Has 3177 Blast hits to 3099 proteins in 290 species: Archae - 0; Bacteria - 161; Metazoa - 1483; Fungi - 19; Plants - 962; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 552 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:12049989..12052453 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 78727.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 678 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGYGNSRSVR FQEDQEVVHG GESGVKLKFK INGTQINNVK MMSKGKFLKA KVLSRVFSED LERVKTKILD PRGQTIRRWN KIFLIACLVS LFVDPLFFFL 101: PVMRNEACIT IGVRLEVVLT LIRSLADAFY IAQILIRFRT AYIAPPSRVF GRGELVIDSR KIAWRYLHKS FWIHLVAALP LPQVLIWIII PNLRGSPMTN 201: TKNVLRFIII FQYVPRMFLI FPLSRQIIKA TGVVTETAWA GAAYNLMLYM LASHVLGACW YLLAVERQEA CWRHACNIEK QICQYRFFEC RRLEDPQRNS 301: WFEWSNITTI CKPASKFYEF GIFGDAVTST VTSSKFINKY FYCLWWGLKN LSSLGQNLAT STYAGEILFA IIIATLGLVL FALLIGNMQT YLQSTTMRLE 401: EWRIRRTDTE QWMHHRQLPP ELRQAVRKYD QYKWLATRGV DEEALLISLP LDLRRDIKRH LCFDLVRRVP LFDQMDERML DAICERLKPA LCTEGTFLVR 501: EGDPVNEMLF IIRGHLDSYT TNGGRTGFFN SCLIGPGDFC GEELLTWALD PRPVVILPSS TRTVKAICEV EAFALKAEDL QFVASQFRRL HTKQLRHKFR 601: FYSHQWRTWA ACFIQAAWRR HRKRKYKTEL RAKEEFHYRF EAATARLAVN GGKYTRSGSD SGMMSSIQKP VEPDFSSE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)