AT2G26540.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : uroporphyrinogen-III synthase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a uroporphyrinogen-III synthase involved in tetrapyrrole biosynthesis. The protein localizes to the chloroplast. Member of the plant-specific DUF724 protein family. Arabidopsis has 10 DUF724 proteins. Loss of function mutant has a WT phenotype | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
HEMD; FUNCTIONS IN: uroporphyrinogen-III synthase activity; INVOLVED IN: uroporphyrinogen III biosynthetic process, porphyrin biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 30 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tetrapyrrole biosynthesis, uroporphyrinogen III synthase (InterPro:IPR003754); Has 1238 Blast hits to 1238 proteins in 600 species: Archae - 19; Bacteria - 1097; Metazoa - 0; Fungi - 1; Plants - 40; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 81 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:11287666..11290224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34226.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 321 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALLLLSHCS ILSFQPPLSS SSSFHSSHIQ SLSKPVFASP SPIRNSISSS VSSSSSSVSS SNSIPQVVVT RERGKNNQII KALEKNGISS LELPLIQHAR 101: GPDFDRLASV LNDKSFDWII ITSPEAGSVF LEAWKTASSP EVQIGVVGAG TARVFEEAMK SADGLLHVAF TPSKATGKVL ASELPEKVGK RSSVLYPASL 201: KAGNDIVEGL SKRGFEVVRL NTYTTVPVQS VDTVLLQQAL SAPVLSVASP SAVRAWLHLI QNEEQWSNYV ACIGETTASA ARRLGLKNVY YPEKPGLEGW 301: VESIMEALGA HADSSNPSSR N |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)