AT2G20790.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : clathrin adaptor complexes medium subunit family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
clathrin adaptor complexes medium subunit family protein; INVOLVED IN: intracellular protein transport, vesicle-mediated transport; LOCATED IN: clathrin adaptor complex; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site (InterPro:IPR018240), Clathrin adaptor, mu subunit, C-terminal (InterPro:IPR008968); Has 294 Blast hits to 294 proteins in 142 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 151; Fungi - 30; Plants - 53; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 60 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:8950162..8952613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 66708.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 613 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPSGCSIRAL WIINNQDTVV FSRRFPVVEK QWCSAYKTEN ENTGLDLPRL PTDQQISDSF TRRKRREGST RGYGIRVAQS TKGSDSWVDD PITRHIISLC 101: LTEEDDDDDD ERNILWPIAL HTKALYSILV LPLVEPKEMK DYVKLCRRSD CGPAVGEDLS LSSLLLNISS ITGAFMVAHA FGDIISGDTV EPEVVVSVSP 201: SVGGLFDSLT GSIGISSRAK PVAAPVASSN PSGAAITGAT ASDAPKAGSR LLDRDLLRNF IATAMPFGTP LDLSLSNISA MKANGFSSAD PPPQELKQPA 301: WKPYLYKGKQ RLLFTIHETV SAAMYDRDEI PDNVSVAGQI NCRAELEGLP DVSFPLAGLS TAHIEAISFH PCAQVPAHGI DKQNIVFQPP LGNFVLMRYQ 401: AGCGLGPPVK GFYQLSMVSE DEGAFLFKVH LMEGYKAPLS MEFCTITMPF PRRRIVAFDG TPSAGTVLTT EHSVEWRILG SGRSLSGKSL EATFPGTIKF 501: SPLQSRRKGD GDDEESEDES AENVVNVEDF LVQKMNKDLP AAELEEPFCW QAYDYAKVSF KIVGASVSRM SIDTKSVNIY PTTKSPVEFS AQVTSGDYIL 601: WNTLGKAPSA AVV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)