AT2G18480.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.977 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Major facilitator superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Major facilitator superfamily protein; FUNCTIONS IN: carbohydrate transmembrane transporter activity, sugar:hydrogen symporter activity; INVOLVED IN: transport, transmembrane transport; LOCATED IN: integral to membrane, membrane; EXPRESSED IN: 12 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Sugar transporter, conserved site (InterPro:IPR005829), Major facilitator superfamily (InterPro:IPR020846), General substrate transporter (InterPro:IPR005828), Sugar/inositol transporter (InterPro:IPR003663), Major facilitator superfamily, general substrate transporter (InterPro:IPR016196); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Major facilitator superfamily protein (TAIR:AT4G36670.1); Has 43653 Blast hits to 42994 proteins in 2645 species: Archae - 798; Bacteria - 24125; Metazoa - 5482; Fungi - 8533; Plants - 2750; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 1963 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:8009582..8011243 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54822.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 508 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVHADGHNFP GSDPNPHMNK FAFGCAIVAS IISIIFGYDT GVMSGAQIFI RDDLKINDTQ IEVLAGILNL CALVGSLTAG KTSDVIGRRY TIALSAVIFL 101: VGSVLMGYGP NYPVLMVGRC IAGVGVGFAL MIAPVYSAEI SSASHRGFLT SLPELCISLG ILLGYVSNYC FGKLTLKLGW RLMLGIAAFP SLILAFGITR 201: MPESPRWLVM QGRLEEAKKI MVLVSNTEEE AEERFRDILT AAEVDVTEIK EVGGGVKKKN HGKSVWRELV IKPRPAVRLI LIAAVGIHFF EHATGIEAVV 301: LYSPRIFKKA GVVSKDKLLL ATVGVGLTKA FFIIIATFLL DKVGRRKLLL TSTGGMVFAL TSLAVSLTMV QRFGRLAWAL SLSIVSTYAF VAFFSIGLGP 401: ITWVYSSEIF PLRLRAQGAS IGVAVNRIMN ATVSMSFLSM TKAITTGGVF FVFAGIAVAA WWFFFFMLPE TKGLPLEEME KLFGGGGPRG DRDGLEIQTK 501: TISIGGFS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)