AT2G18260.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.852 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : syntaxin of plants 112 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of SYP11 Gene Family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
syntaxin of plants 112 (SYP112); FUNCTIONS IN: SNAP receptor activity; INVOLVED IN: intracellular protein transport, response to cold, cellular membrane fusion; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: sperm cell, flower; EXPRESSED DURING: petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Target SNARE coiled-coil domain (InterPro:IPR000727), t-SNARE (InterPro:IPR010989), Syntaxin/epimorphin, conserved site (InterPro:IPR006012), Syntaxin, N-terminal (InterPro:IPR006011); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: syntaxin of plants 111 (TAIR:AT1G08560.1); Has 1733 Blast hits to 1731 proteins in 229 species: Archae - 0; Bacteria - 19; Metazoa - 889; Fungi - 210; Plants - 409; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 206 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:7942275..7943192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35044.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 305 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNDLMTKSFL SYVELKKQAR TDMESDRDLE KGEDFNFDFS PADEENLSGF FQEIETIKTL IEEITHLLLD LQNLNEETKS THSTKILRGL RDRMESNIVT 101: ISRKANTVKT LIETLEKRNV ANRTSFKEGS CVDRTRTSIT NGVRKKLRDT MSEFHRLRER IFADYREDLK RKYFLATGEE PSNEDMEKMI SGSGSCSDLV 201: KTFEVKPEMD LKTKERHEAV NDIKRSLNRL HQVFLDMAVL VETQGDRIDD IEANVANAGS FVSGGTNSLY YANQMKKKTK SWVLWVSILG VLILLVCVIS 301: MLASR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)