AT2G14720.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 ASURE: vacuole What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : vacuolar sorting receptor 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a vacuolar sorting receptor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
vacuolar sorting receptor 4 (VSR4); FUNCTIONS IN: calcium ion binding; INVOLVED IN: protein targeting to vacuole; LOCATED IN: trans-Golgi network, integral to plasma membrane, vacuole, Golgi transport complex; EXPRESSED IN: 9 plant structures; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protease-associated PA (InterPro:IPR003137), EGF-like calcium-binding, conserved site (InterPro:IPR018097), EGF-like (InterPro:IPR006210), Growth factor, receptor (InterPro:IPR009030), EGF-like region, conserved site (InterPro:IPR013032); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: vaculolar sorting receptor 3 (TAIR:AT2G14740.2); Has 13354 Blast hits to 5993 proteins in 249 species: Archae - 2; Bacteria - 126; Metazoa - 12130; Fungi - 11; Plants - 500; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 585 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:6300878..6304156 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 69815.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 628 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKQLLCYLPW LLLLSLVVSP FNEARFVVEK NSLSVTSPES IKGTHDSAIG NFGIPQYGGS MAGTVVYPKE NQKSCKEFSD FSISFKSQPG ALPTFLLVDR 101: GDCFFALKVW NAQKAGASAV LVADNVDEPL ITMDTPEEDV SSAKYIENIT IPSALVTKGF GEKLKKAISG GDMVNLNLDW REAVPHPDDR VEYELWTNSN 201: DECGVKCDML MEFVKDFKGA AQILEKGGFT QFRPHYITWY CPHAFTLSRQ CKSQCINKGR YCAPDPEQDF SSGYDGKDVV VENLRQLCVY KVANETGKPW 301: VWWDYVTDFQ IRCPMKEKKY NKDCAESVIK SLGIDSRKID KCMGDPDADL DNPVLKEEQD AQVGKGTRGD VTILPTLVVN NRQYRGKLEK SAVLKALCSG 401: FEESTEPAIC LSTDMETNEC LDNNGGCWQD KSANITACKD TFRGKVCVCP IVDGVRFKGD GYSHCEPSGP GRCTINNGGC WHEERDGHAF SACVDKDSVK 501: CECPPGFKGD GVKKCEDINE CKEKKACQCP ECSCKNTWGS YECSCSGDLL YMRDHDTCIS KTGSQVKSAW AAVWLIMLSL GLAAAGAYLV YKYRLRQYMD 601: SEIRAIMAQY MPLDSQPEVP NHTNDERA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)